การวิเคราะห์ผล

วิเคราะห์คุณภาพของข้อมูล

• De-multiplexing : ตัดลำดับบาร์โค้ดจากชุดข้อมูล
• Trimming : ตัดลำดับไพรเมอร์ออกจากข้อมูล
• Filtering : ตัดข้อมูลที่มีคุณภาพต่ำออกจากทั้งเส้น forward และ reverse
  
  

การประกอบและจัดเรียงลำดับ DNA

• Unicycler : กระบวนในการการประกอบจัดเรียงชิ้นส่วน DNA ของแบคทีเรีย
• QUAST : ประเมิณคุณภาพของลำดับ DNA
  
  

ระบุตำแหน่งของยีน

• Prokka : ฐานข้อมูลเพื่อใช้ระบุตำแหน่งของยีนในแบคทีเรีย โดยการค้นหารหัสบ่งชี้การเริ่มต้นและสิ้นสุดของยีน หรือโดยการเปรียบเทียบกับยีนที่รู้จักแล้ว
  

ระบุหาชนิดของแบคทีเรียและการศึกษาความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิต

• ด้วยการหาค่า average nucleotide identity (ANI) ของลำดับ DNA เปรียบเทีบกับจีโนมอ้างอิง
• การศึกษาความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิตที่สนใจโดยใช้ค่า ANI เพื่อนำเสนอความสัมพันธ์ออกมาเป็นรูปแบบแผนภูมิที่เรียกว่า phylogenetic tree หรือ phylogeny

การวิเคราะห์ความผันแปรทางพันธุกรรมของแบคทีเรีย

• การเปรียบเทียบ sequencing read จากตัวอย่างกับจีโนมอ้างอิงเพื่อให้ทราบข้อมูลความผันแปรทางพันธุกรรมที่เกิดขึ้น ได้แก่ SNPs ที่ได้จากความแตกต่างของนิวคลีโอไทด์ในตำแหน่งนั้นเทียบกับจีโนมอ้างอิง
   

ระบุหน้าที่ของยีน

• การระบุหน้าที่ของยีนจากตัวอย่างโดยเปรียบเทียบกับฐานข้อมูล KEGG Orthology
  
  

ระบุยีนที่เกี่ยวข้องกับการก่อโรคและยีนดื้อยาในแบคทีเรีย

• การระบุหายีนก่อโรคและยีนดื้อยาในตัวอย่างโดยเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลต่างๆ
  
  

การทำนายเมแทบอไลต์ทุติยภูมิ

• การทำนายและระบุยีนหรือกลุ่มยีนที่เกี่ยวข้องกับการสร้างเมแทบอไลต์ทุติยภูมิในจีโนม
  
  

ระบุลำดับนิวคลีโอไทด์ของแบคเทอริโอเฟจ

• การค้นหาและระบุตำแหน่งของลำดับนิวคลีโอไทด์ในจีโนมของแบคทีเรียหรือในพลาสมิด
  
  

การสร้างแผนที่จีโนมเชิงเปรียบเทียบในแบคทีเรีย

• การเปรียบเทียบแผนที่จีโนมของจีโนมที่สนใจ เพื่อช่วยระบุความเหมือนและความแตกต่างของคุณสมบัติของจีโนมเปรียบเทียบกับจีโนมอ้างอิง